El edificio de la alcaldía se encuentra severamente afectado por la humedad producida por las filtraciones y los escurrimientos de los aires acondicionados que fueron instalados al margen de las normas de restauración, las cuales fueron exigidas por el INAH.

Las millonarias obras de rehabilitación estuvieron a cargo de una empresa representada por una persona de nombre Salvador Tirado, quien acapara la mayoría de trabajos que realiza el municipio de Cuautla y que fue apercibido por el INAH para apegarse a la normatividad. Sin embargo, este empresario insistió en continuar resanando con cemento, el cual evita la evaporación y favorece la acumulación de humedad.

Es fácil apreciar en el histórico edificio, con más de 200 años de antigüedad, grietas, cuarteaduras y mucha humedad que de inicio ha empezado a provocar el desprendimiento de la pintura y el resane. Para ocultar dichos defectos, actualmente se está pintando el edificio.

De acuerdo con información extraoficial, por estas irregularidades, las autoridades de Protección Civil han emitido un nuevo dictamen el cual no ha sido dado a conocer, advirtiendo del peligro que representa para el edificio histórico la acumulación de humedad. Éste se suma a otro dictamen anterior en donde Protección Civil restringe el número de personas que deben permanecer en la planta alta, la cual se encuentra resentida por el paso de los años y el pésimo mantenimiento que se le ha dado.