El nuevo edificio judicial consta de una planta baja y cuatro niveles; ocho salas para juicios orales en materia penal y espacios para cinco juzgados civiles y familiares; oficinas para tres magistrados y los jueces que impartirán justicia en el Tercer Distrito Judicial en materia penal oral; oficinas administrativas, cafetería y estacionamiento subterráneo.
Debido al retraso en su construcción, el precio de la obra prácticamente se duplicó. Originalmente el costo era de 65 millones de pesos y terminó incrementándose a poco más de 120 millones de pesos, que salieron de las arcas federales, estatales y del Fondo Auxiliar para la Administración de Justicia, a cargo del Consejo de la Judicatura estatal.
En agosto de 2007 inició la construcción de la Ciudad Judicial de Cuautla y su terminación fue comprometida por el gobernador del estado Marco Adame Castillo para abril de 2009. Sin embargo, en junio de 2008 la obra fue suspendida por varias semanas, luego reactivada y luego suspendida de nuevo.
Incluso, en su momento el entonces presidente del Tribunal Superior de Justicia, Ricardo Rosas Pérez, acusó que en 2008 el Congreso sólo presupuestó 20 millones de pesos para continuar con la edificación y el Poder Ejecutivo se negó a transferir al TSJ recursos adicionales.
En virtud de que en junio de 2009 iniciaba la segunda etapa de implementación del sistema oral de justicia penal, el tribunal se vio obligado a arrendar inmuebles en Cuautla y Yautepec para instalar de manera emergente salas de juicios orales.
Y es que fue durante 2008 y 2009 cuando, derivado de una reforma constitucional relativa al Poder Judicial, estalló el conflicto en el que aliados al Congreso y el Poder Ejecutivo sostuvieron una lucha política y jurídica contra Ricardo Rosas Pérez.
El pleito político-jurídico culminó el 24 de junio de 2010, cuando el pleno de la Suprema Corte de Justicia de la Nación validó la reforma constitucional que, entre otras cosas, eliminó la inamovilidad y sustituyó la pensión por un haber de retiro a los magistrados, así como el retiro de éstos una vez cumplido 14 años en el cargo.
Rosas Pérez dejó en obra gris el edificio judicial, sin embargo fue hasta hace unos seis meses, cuando la construcción fue reactivada para esta vez ser concluida y puesta en funcionamiento a finales de marzo pasado.
En total, la construcción de la Ciudad Judicial de Cuautla llevó cuatro años y ocho meses, más del doble del tiempo que tomó al Consejo de la Judicatura Federal construir la Ciudad Judicial de Morelos para albergar a juzgados y tribunales federales, cuya edificación inicio en mayo del 2009 y culminó con su inauguración en diciembre de 2010 con un inversión de más de 400 millones de pesos.