No obstante, el uso del agua implica numerosas modificaciones a la morfología de los ecosistemas tales como la construcción de presas hidroeléctricas que son barreras para los movimientos migratorios de muchos organismos acuáticos, principalmente los peces; la construcción de canales de riego y desagües que incrementan los desechos químicos que se vierten a las aguas.

En las últimas décadas, la explosión demográfica, el desarrollo industrial y agrícola han incrementado la demanda de agua y el desecho de diversos productos que se vierten a las cuencas. Ello ha repercutido en la calidad de las mismas, la cual puede verse modificada tanto por causas naturales como por factores externos, y en este último caso se habla de contaminación. Asimismo, la introducción de especies exóticas planeada o accidental puede prosperar bajo el rango de variación ambiental reinante o del alterado, puede alterar procesos ecológicos (cambio en la composición de especies, desplazamiento de especies nativas, pérdida de biodiversidad, modificar severamente las redes tróficas, etcétera).

El sistema hidrológico del estado de Morelos pertenece en su totalidad a la cuenca del río Balsas, que se considera como la más grande del sur del país y que vierte sus aguas en el océano Pacífico. En Morelos, el río se encuentra dividido en tres subcuencas: Amacuzac, Nexapa y Balsas-Mezcala, de las cuales el río Amacuzac es el más importante. Éste tiene sus orígenes a partir de los ríos Chontalcoatlán y San Jerónimo que emergen en las grutas de Cacahuamilpa, ya con el nombre de Amacuzac. En su recorrido recibe los caudales de los ríos Chalma, Tembembe, Apatlaco, Tetlama, Yautepec, Cuautla y otros de menor importancia.

Desafortunadamente, este río presenta una gran problemática debido al crecimiento de la mancha urbana de Cuernavaca, Cuautla, Puente de Ixtla y Yautepec, lo que ha originado la contaminación de las aguas ribereñas por afluentes urbanos e industriales. Asimismo, este ecosistema se encuentra contaminado por algunos de sus tributarios, tales como el río Apatlaco que ha sido convertido en una verdadera cloaca por el suministro de las aguas residuales del ingenio azucarero, así como las descargas urbanas. Otro tipo de contaminación que ha sufrido el río Amacuzac es dado por la introducción accidental o deliberada de especies de peces, lo que ha ocasionado cambios dramáticos en la estructura de las comunidades de peces.

A pesar del hecho de que el río Amacuzac es considerado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio) como una región hidrológica prioritaria (Amacuzac-Lagunas de Zempoala Región RTP-67) y es parte de la Reserva de la Biosfera Sierra de Huautla (Taxco-Huautla Sierras Terrestres Prioritarias Región RTP 120) y pertenece al Área de Importancia para la Conservación de las Aves (AICA C-21), este ecosistema muestra un aumento en el predominio de especies de peces exóticos, que es un síntoma de estrés en los ecosistemas acuáticos.

La erradicación de especies exóticas del río Amacuzac tal vez ya no es posible, dada su amplia distribución y dominancia; sin embargo, las medidas que se deben tomar son controlar las poblaciones de estas especies exóticas y evitar la introducción de otras especies. Si no se hace esto, los peces nativos, que ya han sido dañados, podrían ser disminuidos más drásticamente. Una opción para la gestión de especies exóticas podría ser lo que se ha implementado en el estado de Michoacán, en el embalse de la presa Infiernillo, donde las tecnologías se están desarrollando para la captura y la industrialización del pez diablo. Para ello, se ha determinado que esta especie contiene un alto valor nutricional y puede ser comercializada como un concentrado de proteínas para enriquecer los alimentos. Además, los residuos orgánicos de estas especies pueden ser industrializados como alimento procesado para cerdos y vacas, lo que sería generar una importante reducción en los costos de producción. Otra estrategia podría consistir en llevar a cabo campañas de educación ambiental para el público en general y, sobre todo, a la asociación de productores de peces ornamentales del estado, donde el énfasis se debe colocar en el peligro que implica la introducción de especies exóticas en los ecosistemas naturales, así como establecer medidas preventivas y de remediación para especies plagas como el pez diablo y el pez convicto.

Con base en lo anterior, es importante que se realicen estudios biológicos y ecológicos, los cuales permitan conocer parte de la naturaleza, la problemática y el potencial que presentan los ecosistemas acuáticos, por lo que es necesario que exista un mayor apoyo económico por parte del gobierno estatal y federal para llevar a cabo estudios que permitan plantear estrategias de conservación de los organismos acuáticos y su hábitat.