Actualmente se trabajan diversos complejos híbridos en los géneros Quercus (Fagaceae), Psidium (Myrtaceae), Brahea (Arecaceae), Thitonia (Asteraceae), Cosmos (Asteraceae) y Bursera (Burseraceae). Algunos de las cuales se distribuyen en la Reserva de la Biosfera Sierra de Huautla. La finalidad es responder preguntas como: ¿Los individuos con morfología intermedia son el resultado del flujo genético entre especies? ¿Cuáles son los niveles de hibridación entre zonas híbridas? ¿Qué tipo de introgresión se registra en cada zona híbrida? y ¿Cuál es la importancia de la hibridación natural en la conservación?

Para el fortalecimiento de esta línea de investigación se han formado cuatro alumnos de licenciatura y dos de maestría y actualmente dos alumnos de doctorado y dos de maestría están desarrollando su investigación en esta línea. Además, se han generado artículos científicos en revistas como American Journal of Botany, Oecología y Oikos. Asimismo, se ha colaborado con investigadores como Alberto Ken Oyama del CIECO, UNAM; Susana Valencia Ávalos y Jaime Jiménez de la Facultad de Ciencias, UNAM; Ana Mendoza Ochoa, Instituto de Ecología, UNAM; Armando Zepeda Rodríguez, Verónica Rodríguez Mata y Francisco Pasos Nájera, de la Facultad de Medicina, UNAM; y Rolando Ramírez Rodríguez y Guadalupe Rangel Altamirano, del CIByC, UAEM.

Filogeografía y Estructura Genética de Plantas Vasculares. Se trabaja con los complejos antes mencionados, para determinar las rutas históricas de colonización que ha tenido cada especie. Asimismo, conocer la diversidad y estructura genética de cada especie parental y las variaciones en la estructura genética que ocurren en las zonas híbridas.

Para el desarrollo de esta línea de investigación se han formado dos alumnos de licenciatura y actualmente dos alumnos de licenciatura y uno de doctorado están desarrollando su investigación en esta área. También se han generado artículos científicos en revistas como Canadian Journal of Botany. Asimismo, se ha colaborado con investigadores como Daniel Piñero y Rocío Esteban Jiménez, del Instituto de Ecología, UNAM; Alberto Ken Oyama, del CIECO, UNAM; Patricia Mussali Galante, del Instituto de Investigaciones Biomédicas, UNAM.

Estructura de la Comunidad de Artrópodos Asociados al Dosel y a la Hojarasca. Se realizan colectas de artrópodos asociados al dosel y a la hojarasca, para evaluar diferentes parámetros de la comunidad (riqueza, diversidad, densidad, biomasa, especies raras, composición, etcétera) y contestarnos preguntas como: ¿La comunidad de artrópodos varía espacial y temporalmente? ¿Cómo modifican la fragmentación y los disturbios a la comunidad de artrópodos? ¿Existe una correlación entre la diversidad genética de la especie hospedera y la diversidad de artrópodos asociados? ¿Qué importancia tienen estos estudios en programas de conservación?

Dentro de esta línea de investigación se han formado siete alumnos de licenciatura y actualmente un alumno de licenciatura y uno de doctorado están desarrollando su tesis en esta línea. Además, se han generado artículos científicos en revista como Biological Conservation, Oikos, Oecologia, Journal of Orthopteran Research y Acta Zoologica Sinica, así como diversos capítulos de libros. Asimismo, se ha colaborado con investigadores como Alberto Ken Oyama, del CIECO, UNAM, y Zenón Cano Santana, de la Facultad de Ciencias, UNAM. Por último, se conformó el Cuerpo Académico Biología del Dosel, con otros tres investigadores del CIByC, UAEM (Angélica Corona, Alejandro Flores y Víctor H. Toledo), lo cual impulsa la vinculación con otros cuerpos académicos y la búsqueda de recursos para desarrollar investigaciones en esta área.

Ecotoxicología. La contaminación por metales representa riesgos para los ecosistemas, por lo que nos interesa conocer cuáles son los efectos de la contaminación sobre la estructura y diversidad genética, los mecanismos de acción involucrados en dicha afectación y los daños genotóxicos en poblaciones que habitan los jales mineros de Huautla, Morelos. Esta localidad es conocida como una zona minera, la cual presenta una riqueza natural en minerales azufrados de Pb y Ag, donde se estima que existen alrededor de 780 mil toneladas de residuos mineros. Los principales contaminantes son el plomo y el arsénico, además de otra cantidad de material no procesado rico en Pb, Cd y Mn.

Por último, en esta línea de investigación se han formado un alumno de licenciatura y uno de maestría y actualmente un alumno de licenciatura está haciendo su tesis en esta línea. Además, se han generado artículos científicos en revistas como BMC Cancer, Toxicology and Industrial Health, así como diversos capítulos de libros. Asimismo, se ha colaborado con investigadores como Emilio Rojas del Castillo, Mahara Valverde Ramírez y Patricia Mussali Galante, del Instituto de Investigaciones Biomédicas de la UNAM.

El desarrollo y fortalecimiento de las líneas de investigación antes mencionadas ha sido posible gracias al apoyo económico obtenido por Conacyt y Promed, así como el soporte otorgado por la administración del CIByC a la investigación.

La importancia de las líneas mencionadas es que son multidisciplinarias y permiten crear vínculos con diversos investigadores e instituciones. Además, estas líneas convergen de manera natural generando conocimiento sobre los parámetros que regulan la biodiversidad y los factores (e.g. disturbios) que la modifican. Por lo que ofrece los elementos necesarios para la conservación y manejo de áreas perturbadas.